Le programme Fiscalis, ainsi que le programme Matthaeus-Tax qui l'a précédé, a constitué l'axe de la coopération administrative, grâce aux échanges de fonctionnaires entre administrations fiscales des États membres, à l'organisation de séminaires portant sur des sujets précis, et à l'organisation de contrôles multilatéraux dans le domaine de la fiscalité indirecte.
Das Fiscalis-Programm dient wie sein Vorgänger, das Matthaeus-Tax-Programm, der Verbesserung der Zusammenarbeit der Verwaltungsbehörden: im Rahmen dieses Programms werden Beamte zwischen den Verwaltungen der Mitgliedstaaten ausgetauscht, Seminare zu klar definierten Themenbereichen abgehalten und multilaterale Prüfungen im Bereich der indirekten Steuern organisiert.