Pourtant, la mobilité au sein de l'EHEA entraîne parfois des conséquences inattendues: d'une part, un afflux d'étudiants provenant d'autres États membres, plus particulièrement dans certaines filières (la médecine, par exemple); d'autre part, une "fuite des cerveaux" dès lors que les étudiants quittent leur pays d'origine pour étudier à l'étranger et n'y retournent pas toujours au terme de leurs études.
Die Mobilität im EHR hat jedoch manchmal auch unbeabsichtigte Folgen: einerseits einen Zustrom aus anderen Mitgliedstaaten, insbesondere in einigen Fachrichtungen, z. B. Medizin; andererseits einen „Braindrain“, wenn fähige Studierende ihre Heimat für ein Auslandsstudium verlassen und manchmal auch nach Abschluss des Studiums nicht zurückkehren.