Naast de directie-generaal, bestaat het Agentschap uit drie directies: de directie Netwerkbeheer en -controle, de directie Operationele diensten en de directie Algemene diensten, elk geleid door een houder van een managementfunctie -1 (Koninklijk Besluit van 15 oktober 2001 betreffende de structuur, de organisatie en de werking van het Federaal agentschap voor de opvang van asielzoekers).
Outre la direction générale, l'Agence est organisée autour de trois directions: la direction Gestion et Contrôle du réseau, la direction des Services Opérationnels et la direction des Services Généraux, chacune dirigée par un titulaire d'une fonction de management -1 (arrêté royal du 15 octobre 2001 relatif à la structure, à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence fédérale d'Accueil des Demandeurs d'Asile).
