On peut donc conclure, à propos de la brevetabilité des séquences géniques autorisées par les dispositions de l’article 5, alinéa 2 et 3 et par ses considérants d’interprétation (du n°20 au n°25), qu’» il émerge de la directive que la notion de découverte perd sa connotation négative en matière de brevetabilité par le seul fait qu’elle est associée à une application industrielle »

Mais, précisément à la suite de l’adoption de cet acte communautaire, on assiste depuis peu à un large débat centré sur la nécessité d’une définition plus claire des critères de brevetabilité utilisés dans les systèmes de brevetage des États-Unis par rapport à ceux qui sont prévus par l’UE, surtout à l’égard du brevetage des séquences géniques.

Dans l'Union européenne, la brevetabilité du génome humain a fait l'objet d'un débat controversé dès la moitié des années 80, mais le Parlement européen et le Conseil, constatant qu’il n’existait pas de cadre juridique communautaire qui prévoie spécifiquement la protection des procédés et des produits du nouveau secteur des biotechnologies, ont adopté en 1998 la directive 98/44 sur la protection juridique des inventions biotechnologiques pour préciser les limites autorisées au brevetage du « matériel biologique » et donc aussi des séquences géniques et pour chercher à donner une réponse à ces controverses.

Ainsi, à la lecture de son article 9 et de son considérant 25, la directive pourrait présenter un certain degré de flexibilité concernant la portée d'une invention portant sur une séquence génique.

Ainsi, les Offices nationaux pourront délivrer des brevets ne portant que sur la séquence génique qui est essentielle à la fonction décrite en excluant celles qui ne sont pas indispensables à ladite fonction.

Dans une décision très récente, une chambre d'opposition de l'OEB a précisé ce qu'il convenait d'entendre par application industrielle dans le cadre d'une séquence génique.