Dans le domaine de la santé, le Centre Commun de Recherche et six agences communautaires ont une mission essentielle en matière d'émission d'avis scientifiques utiles en cas d'urgence sanitaire; ces agences sont le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (CEPCM), l'Agence européenne pour l'évaluation des médicaments (EMEA), l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), l'Agence européenne pour l'environnement (AEE), l'Observatoire Européen des Drogues et des Toxicomanies (OEDT) et l'Agence européenne pour la sécurité et la santé au travail (EU-OSHA).
Im Gesundheitsbereich kommt der gemeinsamen Forschungsstelle und sechs Gemeinschaftsagenturen eine Schlüsselrolle bei der Formulierung wissenschaftlicher Empfehlungen für gesundheitsbezogene Krisenfälle zu – Europäisches Zentrum für die Prävention und die Kontrolle von Krankheiten (ECDC), Europäische Arzneimittel-Agentur (EMEA), Europäische Behörde für Lebensmittelsicherheit (EFSA), Europäische Umweltagentur (EEA), Europäische Beobachtungsstelle für Drogen und Drogensucht (EMCDDA) und Europäische Agentur für Sicherheit und Gesundheit am Arbeitsplatz (EU-OSHA).