Les activités des services concernés font également l'objet d'une coordination croissante, et différents groupes de travail s'occupent de toutes sortes d'aspects concernant aussi bien le caractère opérationnel et le fonctionnement de l'agence (par exemple la réalisation des tests rapides d'ESB et de tout ce qui s'y rattache, les systèmes de surveillance des contaminants regroupés dans Consum) que l'action, la composition et le statut futurs de l'agence.
De werkzaamheden van de betrokken diensten worden ook steeds meer op elkaar afgestemd en verschillende werkgroepen houden zich bezig met allerlei aspecten die zowel te maken hebben met de operationaliteit en de werking van het agentschap (bijvoorbeeld het uitvoeren van de snelle BSE-tests en al wat daarmee samenhangt, de contaminantenplannen gebundeld in Consum) als met de toekomstige werking, samenstelling en statuut van het agentschap.
