Le principal défi pour l'environnement dans la mer Baltique est l'eutrophisation, les polluants persistants, par exemple la dioxine, les PCB et les composés organiques de l'étain, les espèces invasives, les délestages volontaires et illégaux, un risque croissant de marée noire, à cause de l'exploitation des champs de pétrole ou de la croissance rapide des transports de pétrole, et la sûreté nucléaire.
Die größte ökologische Herausforderung für die Ostsee sind die Eutrophierung, persistente Schadstoffe, z.B. Dioxin, PCB und organische Zinnverbindungen, fremde invasive Arten, absichtliche rechtswidrige Einleitungen durch Schiffe, das steigende Risiko von Öltankerunfällen und die Gefahren infolge der Ausbeutung von Ölfeldern sowie der rasch anwachsende Öltankerverkehr und die nukleare Sicherheit.