Dans le cadre de la politique de sécurité et de défense commune, deux missions militaires contribuent actuellement à la sécurité de la région: l'opération EUNAVFOR Atalanta, qui améliore la sécurité maritime en luttant contre la piraterie dans l'océan Indien et escorte les navires transportant l'aide humanitaire du Programme alimentaire mondial, et la mission militaire de formation EUTM Somalia, qui contribue à la formation des forces de sécurité somaliennes.
Derzeit tragen zwei EU-Militärmissionen im Rahmen der Gemeinsamen Sicherheits- und Verteidigungspolitik zur regionalen Sicherheit bei: die Operation EUNAVFOR-Atalanta, die durch die Bekämpfung von Piraterie im Indischen Ozean und den Schutz humanitärer Hilfslieferungen des Welternährungsprogramms die Seeverkehrssicherheit verstärkt, und die militärische Ausbildungsmission EUTM Somalia, die zur Ausbildung der somalischen Sicherheitskräfte beiträgt.